El 27 de julio de 2005 obtuvo el título del Torneo Apertura ganando en la penúltima fecha al Unión Huaral por el marcador de 1-0 con gol anotado por Miguel Mostto, camisetas futbol baratas 2024 con 51 puntos en el Apertura obtuvo su segundo título en la primera división del fútbol profesional peruano. Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Manuel Arboleda, Edwar Torrealva, Orestes Santander, Miguel Mostto, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Daniel Gamarra, Sergio Ibarra, Jesús Cisneros, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Juan Péndola, Miguel Llanos, César Balbín, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Corsino Gómez, Carlos García, Néstor Candia, Paolo de La Haza. Plantilla campeona de Cienciano: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Martín García, Carlos Maldonado, Carlos Lugo, César Ccahuantico, Abel Lobatón, Juan Carlos Bazalar, Germán Carty, Paolo Maldonado, Ramón Rodríguez, Maurinho Mendoza, Giuliano Portilla, Juan Carlos La Rosa, Alessandro Morán, Julio García, Miguel Llanos, Carlos Ibarra, Rodrigo Saraz, Carlos Lobatón, Elexander Araujo, Roberto Holsen, Carlos García, Néstor Candia, Jean Garrafa.
En este partido Carlos Tévez pondría el primero para Boca que era más en el primer tiempo para el segundo tiempo Cienciano se logra recuperar teniendo ocasiones de gol para empatar, pero no podía meter gol hasta que en la última jugada del partido Rodrigo Saraz lograría peinar el balón venciendo así a la valla de Roberto Abbondanzieri. Ello le dio el derecho a definir nuevamente un Título Nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura. En la última fecha del campeonato, Cienciano se enfrentó a Alianza Atlético en Cusco, frente a más de 35 000 espectadores, partido que ganó por 2-1 y con el cual salvó la categoría. Cienciano no pudo ganar la final ante 35 000 espectadores, perdió con un gol hecho por Carlos Zegarra en el minuto 45 del primer tiempo. Finalmente, Colo-Colo vendió los terrenos al Seguro Obrero en $33 000 000, transacción que financió en parte la compra del terreno donde se construyó posteriormente el Monumental.
Con cincuenta y dos puntos, sumados en veintiuna victorias y diez empates en los treinta y ocho encuentros disputados, la Unión Deportiva Salud Tenerife se había ganado el derecho a luchar por llegar nuevamente a la Segunda División B. La Unión Deportiva Orotava y la Unión Deportiva Gáldar acompañarían a los clubes de Sardina del Sur y La Salud en la promoción de ascenso. Luego de haber descendido, en la Segunda División 2016, Cienciano terminaría en el 3.er lugar, peleando hasta la última fecha por el ascenso a Primera División. En 2015 el equipo cumplió una pésima campaña teniendo hasta tres entrenadores en los tres torneos, lo que causó que el cuadro imperial pierda la categoría sumido en una crisis económica. En este mismo año, Cienciano disputó un partido amistoso con la selección de fútbol de Guatemala donde el Cienciano ganó cómodamente 3 a 0.En la Copa Sudamericana 2004 ocurre un hecho muy curioso, el 24 de agosto de 2004, cuando el árbitro Jorge Hoyos detuvo el cotejo entre Carabobo Fútbol Club y el Cienciano, ya que los uniformes de ambos equipos se asemejaban. La Recopa Sudamericana 2004 se jugó a un solo partido en el Lockhart Stadium de Miami, Estados Unidos, entre el club argentino Boca Juniors -que venía de ser campeón del mundo- y el Cienciano peruano.
En el año 2004 quedó en el segundo lugar en el Torneo Apertura, a solo cuatro puntos del campeón Alianza Lima; sin embargo, Cienciano fue el equipo que más puntos sumó en un año en la historia de la primera división del fútbol peruano. Pese a ello, Cienciano no logra ganar el título nacional ese año ya que Sporting Cristal gana el Torneo Clausura y así juega la final nacional contra Alianza Lima. En el año 1961 El Salvador volvió a la cumbre del torneo regional de la Copa CCCF con un subcampeonato logrado en la ciudad de San José, Costa Rica, donde perdió un juego de la ronda final frente los anfitriones con marcador de 0-4, pero con dos victorias ante Haití (2-0), y Honduras (5-1). Integraban aquel conjunto el portero Yohalmo Aurora, los delanteros Mario Monge, Eduardo «Volkswagen» Hernández, Juan Antonio «Maquinita» Merlos, Max «Chele Catán» Cubas, Juan Francisco «Cariota» Barraza, Salvador Rocabruna, y Alfredo «Baiza» Ruano, entre otros, y su director técnico era Conrado Miranda. ↑ «Cuenta atrás para el nuevo campo del Verge de Lluc». ↑ a b Federación Colombiana de Fútbol (FCF) (ed.). ↑ a b c Real Federación Española de Fútbol (1951). «Fase final de Segunda División».