Después del descenso a Tercera División, el equipo se convirtió en un habitual de las promociones de ascenso pero sin conseguir el ansiado boleto en la Segunda B. En 2021 se reformaron las categorías inferiores del fútbol español, por lo que la nueva Tercera Federación pasó a convertirse en el quinto nivel del sistema de ligas nacionales, el Sant Andreu debió quedarse en esa categoría tras perder el play-off de ascenso ante el Cerdanyola del Vallès Fútbol Club y quedarse fuera de la Segunda División RFEF, categoría que fue sustituta parcial de la antigua Segunda B y el nuevo cuarto nivel de la pirámide, por lo que los «cuatribarrados» sufrieron un descenso encubierto al perder un nivel en la escalera deportiva española. En 1980 el Sant Andreu empieza una época en Tercera División, hasta 1990. Son diez temporadas de sufrimientos, éxitos y fracasos. Después de un buen desempeño en las primeras cinco jornadas el Sant Andreu llegó al partido definitivo contra el Lugo como favorito para subir de categoría, ya que el empate era suficiente para el ascenso del equipo, sin embargo, en el encuentro el colegiado Japón Sevilla ignoró un penalti cometido contra Ramón Calderé y además expulsó al jugador ya que consideró que había simulado la falta, finalmente el equipo gallego ganó el partido por un marcador de 2-1 y se quedó con el boleto a la categoría de plata en medio de las airadas protestas de los jugadores del Sant Andreu.
En la serie de promoción el Sant Andreu fue encuadrado con el Salamanca Club de Fútbol UDS, el partido de ida finalizó con un empate a un gol, por lo que todo quedó para definirse en la vuelta. En el 2000 el equipo regresó a Tercera División y consiguió la permanencia con cierta facilidad, posteriormente el equipo alcanzó la promoción de ascenso en 2002 y 2003 sin conseguir promocionar de categoría. Jaume Sabaté, sustituto de Puerto, se encarga de hacer campeón de tercera división al Sant Andreu en la temporada siguiente. Para la temporada 1991-92 el Sant Andreu mejoró su desempeño terminando la fase regular en la primera posición del Grupo II de la categoría y accediendo a la promoción de ascenso a Segunda División, en esa etapa los cuadribarrados fueron encuadrados en el grupo D junto a los clubes Lugo, Extremadura y Elche. Grupo B: componían el grupo los 11 clubes clasificados, pertenecientes a Segunda División (10 clasificados de la segunda ronda, y otro exento de la misma).
Los locales vencieron 2-1 y se salvaron, a costa de los catalanes, que desde entonces jamás han vuelto a la división de plata del fútbol español. Con el paso de los años, el Sant Andreu recuperó su nombre y sus colores originales, pero en el escudo, pese a las modificaciones que se fueron introduciendo, todavía seguía la bandera española. En la temporada 1998-99 el Sant Andreu desciende a Primera Catalana, aunque consiguió regresar a Tercera División en una temporada tras proclamarse campeón de la categoría catalana. La campaña 2009-10 el equipo se clasificó para el play-off de ascenso a Segunda División al haber finalizado la liga regular primero de su grupo. En la fase definitiva el Sant Andreu fue encuadrado en el Grupo A con el Real Jaén, el Deportivo Alavés y el Club Deportivo Toledo, en la liguilla el equipo cuadribarrado únicamente consiguió un empate con el Real Jaén, por lo que terminó en el último lugar del grupo, mientras que el ascenso fue a parar al Toledo. En el partido celebrado el 4 de junio de 2023 el Sant Andreu se impuso por un marcador de 1-2, por lo que el equipo «cuatribarrado» consiguió su ascenso a Segunda Federación, ocho años después de haber caído al pozo de la Tercera División.
La temporada 1977/78 el Sant Andreu pasó a jugar en la recién creada Segunda División «B», una nueva categoría intermedia entre el fútbol profesional y la Tercera División. En la temporada 1990-91 el equipo consiguió su permanencia en la Segunda División B al finalizar en la decimotercera posición del Grupo IV, terminando a cinco puntos del descenso. 18.ª posición y perdió la categoría. La campaña 2013/14 el club «cuatribarrado» finalizó la liga en 15.ª posición, sufriendo para mantener la categoría hasta la penúltima jornada. En 1967, se crea el Campeonato Nacional de Primera División, con la intención de integrar a los clubes del interior en la máxima categoría. En la siguiente lista, incompleta, se incluyen algunos de los clubes que alguna vez participaron de la Liga del Valle en alguna de sus categorías y que ya no lo hacen más. El proyecto proprone la creación de una liga semiprofesional con 20 equipos.
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