Su dimisión forzó la presidencia temporal de los consejeros Fernando Giner y Vicente Andreu hasta la Junta General Extraordinaria de Accionistas prevista para el 4 de junio de 2013, de la que saldrá un nuevo consejo de administración para el club, en principio presidido por el que fuera vicepresidente deportivo de la Fundación, Amadeo Salvo. En su primera temporada mantuvo en el cargo de vicepresidente deportivo al exfutbolista Fernando Gómez Colomer, pero el 2 de junio de 2010 decide prescindir de sus servicios aludiendo razones económicas para el despido, camiseta de luka doncic cosa que el mismo Fernando desmentía. Junto a Javier Gómez en el departamento económico estuvo presente en la era de los mayores éxitos deportivos recientes del conjunto valencianista, pero no fue todo un camino de rosas. La Fundación mantuvo a Manuel Llorente en la presidencia del club, ya que además era uno de los patronos de la Fundación. El despido del entrenador Pellegrino suscitó una grave polémica para el presidente por un doble motivo: en primer lugar por destituir al entrenador que fue una apuesta personal suya, cuando la afición de Mestalla clamaba contra el presidente y los jugadores, no contra el entrenador, y en segundo lugar por el finiquito que había que pagar al entrenador argentino tras su despido, ya que se anunció que su contrato tenía una duración de 2 temporadas pero varios miembros del consejo de administración del club aseguraban que se les informó de que su contrato era de una temporada más otra por objetivos.
Valencia: sin inversores ni acuerdos en la negociación con Bankia para terminar con la deuda y terminar la construcción del nuevo estadio, y con gran parte de la afición en contra y desilusionada por la baja calidad del equipo tras la marcha de los principales futbolistas y la construcción de una plantilla desequilibrada en sus líneas, lo cual provocó en los últimos años un acusado descenso de los abonados y espectadores que acudían a Mestalla a ver al equipo. Una vez iniciada la temporada 2012/13, tras una dura derrota en la jornada 13 frente al Málaga (4-0), y estando clasificado el equipo en la posición 12º tras el encuentro de la jornada 14 en Mestalla frente a la Real Sociedad con el resultado final de 2-5, la afición valencianista protestó airadamente contra el presidente Manuel Llorente y los futbolistas por la mala gestión de la plantilla y el mal arranque de temporada.
Al final dicha deuda se canjearía a cambio de dos jugadores del equipo italiano: Stefano Fiore y Bernardo Corradi, que, debido a su valor de mercado superior a la deuda, acarrearía que el club además tuviera que pagar 3,3 millones de euros por hacerse con los servicios de los futbolistas. Encontrarás tejidos que capilarizan el sudor y mantienen la frescura y la concentración, así como materiales flexibles que proporcionan la máxima comodidad. Le sustituyó como director deportivo el coordinador Braulio Vázquez. La apuesta por el nuevo entrenador fue una decisión particular de Manuel Llorente en contra de las recomendaciones de la directoria deportiva dirigida por Braulio Vázquez que negociaba con el serbio Miroslav Djukic. Ernesto Valverde, esta vez sí asesorado por el director de la directoria deportiva Braulio Vázquez. En febrero de 2007 pasó a ser presidente del Pamesa Valencia y director general, debido al traspaso de poderes que Juan Roig efectuó a su favor, dejando el cargo dos años más tarde para volver al Valencia CF, en esta ocasión como presidente. Llegó al Valencia CF en 1995 de la mano de Francisco Roig, hermano de Juan y Fernando Roig, para ser el Gerente del club y posteriormente director general.