Ya en el cuadrangular A, Santa Fe debió medirse con Deportes Tolima, Atlético Huila y La Equidad respectivamente, perdiendo al final de esta fase la opción de disputar una nueva final en el fútbol colombiano, al caer como local en el último partido 1-0 con al Deportes Tolima, (posterior subcampeón del Torneo Finalización 2010), dejando al club bogotano segundo en su grupo con 10 puntos, camisetas futbol uno menos que los de Ibagué. Con la selección mayor enfrentó recientemente a la Selección de Alemania Universitaria, empatado en 1 tanto por bando, con un excelente desempeño de las jugadoras; a la vez se jugaron encuentros amistosos con la Selección Argentina en la categoría mayor, donde en el encuentro revancha, jugado en Buenos Aires, se logró una victoria histórica para el fútbol de mujeres ya que fue la primera vez que se le ganó a una Selección Argentina de esa categoría. Pasaron 3 años para que Santa Fe figura de nuevo en el panorama internacional, esta vez en la Copa Merconorte 1999, gracias a una invitación que le hizo la Conmebol, y donde participó junto a Millonarios y América de Cali, como representativos colombianos. Logró con esto el empate de la serie 2-2 para el América y obligó finalmente a una definición por penales, la cual se llevaron los “Diablos Rojos” con un 5-3 final, dejando otra vez a Santa Fe con las manos vacías.
En esta ronda el equipo de la capital logró sacar un empate importante como visitante 1-1 en el Estadio Palogrande, que le permitió cerrar la llave como local en El Campín. Con la llegada del vallecaucano el rojo capitalino dominó durante casi todo el torneo, obteniendo un invicto de 6 fechas al comienzo del campeonato, clasificándose de esta manera a los cuadrangulares semifinales como tercero en la tabla de posiciones con 35 puntos, uno menos que los líderes y posteriores finalistas Once Caldas y Deportes Tolima. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, el técnico Pecoso dejó su cargo al término del torneo. Nómina campeona de la Copa Colombia 1989: José Fernando Hernández, Wilmer Cabrera, Hernando Cuero, Manuel Rincón, Miller Cuesta, William Palmero Morales, Tulio Hernán Guerrero, José Romeiro Hurtado, John Edison Álvarez, Manuel Acisclo Córdoba, Héctor Ramón Rambo Sossa, Armando Pollo Díaz, Germán Morales, Adolfo Tren Valencia, Freddy Rincón, Luis Alfonso Cheo Romero, Eduardo Niño, Víctor Manuel Rozo, Roberto Alfonso Cañón, Carlos Alberto Baquero, Juan Carlos Rodríguez, Adolfo Holguín, José Freddy Hurtado, Dorian Zuluaga, Fabián Martínez, Rubén Darío Ramírez, Fernando Vásquez y Alfredo Hurtado.
Para esta época, y bajo la dirección técnica de Jorge Luis Pinto y Diego Edison Umaña respectivamente, se destacaron con el equipo Freddy Rincón, Eduardo Niño, Wilmer Cabrera, Germán Morales, Hernando Cuero, Jorge Alberto Taverna, Osvaldo Coloccini, José Romeiro Hurtado, Astolfo Romero, Juan Carlos Rodríguez, Hamir Carabalí, Manuel Acisclo Córdoba, Víctor Lugo, Edison Álvarez, Juan Carlos Cabanillas, Óscar Alfredo Rifourcat, Álvaro Silva, William Palmero Morales, Mario Jiménez, Jorge Policía Ramírez, camisetas futbol baratas Sergio Checho Angulo y Armando Pollo Díaz. Nómina De La Final Copa Conmebol 1996: Rafael Dudamel, Nelson Rolo Flórez, Wilson Gutiérrez, Orlando Garza Garcés, Óscar Upegui, Roberto Vidales, Jorge Salcedo, Robert Villamizar, Francisco Pacho Wittingham, Silverio Ramón Penayo, Gustavo Díaz. DT: Francisco Pancho Hormazábal (chileno). DT: Vladimir Popović (yugoslavo). DT: Diego Edison Umaña. Nómina de la final Copa Merconorte 1999: Agustín Julio; Iván López, Adelmo Vallecilla, Hilario Cuenú, Edison González, Luis García, Emir González, Luis Moreno, Aldo Leão Ramírez, Wilson Cano, Jeffrey Díaz.
Cambios: (Iván Velásquez, 72′) por Luis García, y (David Hernández, 46′) por Aldo Ramírez. David Montoya se mostró como su máxima figura. Apertura y Finalización. En el primer semestre Santa Fe fue tercero, pero para la segunda mitad del año, se consolidó como primero del Grupo A. El hexagonal final del año tuvo como protagonistas a Santa Fe, su clásico rival Millonarios, el Atlético Bucaramanga, el Junior de Barranquilla, el Independiente Medellín y el Deportivo Cali. Millonarios 7-3; en esta ocasión clasificó a los cuadrangulares semifinales, pero terminó tercero, detrás de América de Cali y Atlético Nacional. Fue justamente en el primer campeonato disputado bajo esta modalidad, más precisamente en el Apertura 2002 donde Santa Fe ocupa el segundo lugar detrás del Deportivo Cali en la serie de todos contra todos. Allí los dos equipos igualaron 1-1 tanto en Caracas como en Bogotá, lo que llevó a una disputa desde el punto penal con el fin de saber quién sería el que se enfrentaría al América de Cali en la final. En semifinales le correspondió enfrentar al Vasco da Gama, con el que cayó por marcador de 2-1 como visitante en el Estadio Maracana, pero se impuso finalmente en el partido de vuelta por 1-0, e igualó el marcador global, lo que obligó a la definición desde los 12 pasos, en la que salió vencedor por marcador de 6-5. En la otra llave se impuso Lanús de Argentina, que había vencido a Rosario Central con un global de 6-1. El primer partido de la final se jugó en Buenos Aires, donde los locales ganaron por 2-0. Mientras que el partido de vuelta se disputó en el Estadio El Campín, donde Santa Fe apenas pudo ganar por 1-0, lo que dejó el marcador global en 2-1 a favor de Lanús y entregó el subcampeonato al conjunto bogotano.