La temporada 2023/24, en la quinta categoría del fútbol nacional, empieza con nuevas deudas a futbolistas, marchándose del club casi la mitad de la plantilla conforme avanzan las jornadas en las que apenas hay triunfos, muchos empates y algunas derrotas, lo que unido a la sanción de restarle en la clasificación dos puntos por impagos arbitrales, condenan a El Ejido a verse de lleno dentro de la zona descenso entrando en los últimos tres meses de liga. Estos resultados y el cansancio de la afición hicieron que el club tomara la decisión de rescindir al entrenador del ascenso a 2ªFederación, José Cordero ‘Rubio’ para entregarle el control del equipo a Miguel Ángel Montoya, quien fuera entrenador del club varios años antes y que consiguió el último ascenso del CD Utrera a Tercera División en la temporada 2014/15. Aunque con su llegada el equipo adquirió una imagen algo más esperanzadora que la anterior, la mala suerte de cara al gol y las lesiones lastraron al club manteniéndolo en descenso. Esa temporada no todo iba a ser de color de rosa, entrando en una mala racha de resultados de la que empezó a salir tras tres fichajes claves, como fueron los de Dani Cara, David Fernández y Javicho.
En 2001 se inauguró el Estadio Padre Ernesto Martearena de Salta, construido específicamente para ser sede de la Copa Mundial Sub-20. Si el club había iniciado años antes unos pasos que iban encaminados hacia la separación definitiva entre la sección de fútbol sala y la de fútbol, vistiendo equipaciones distintas desde 2017 y cambiando de escudo en 2018 (hasta entonces la equipación y el escudo eran los del antiguo El Ejido FS), el descenso y los problemas económicos propiciaron que en 2019 se disgregaran oficialmente, adquiriendo el fútbol sala los derechos federativos del CD Bayyana FS (club de la capital almeriense fundado en 2001), que se mudó a El Ejido llamándose CD Bayyana El Ejido y adoptó el escudo de El Ejido que fue sustituido en 2018 y su vestimenta (camiseta y medias celestes, pantalón azul), mientras que el CD El Ejido 2012 (ya solo de fútbol), conservó su nombre y escudo actuales. En la competición, El Ejido realiza una temporada 2022/23 pobre en la que, como en varios años anteriores, los futbolistas se ven afectados por los impagos y la mayoría de partidos se saldan con resultados en su mayoría adversos, descendiendo a Tercera Federación y, de nuevo, salvando un posible descenso administrativo saldando las deudas.
Newell’s posee los honores de ser el máximo ganador de la competición, siendo a su vez el primer campeón y tricampeón del susodicho torneo. En ese entonces, el Torneo de Honor funcionaba como la primera rueda del Campeonato Uruguayo, (aunque esto no cambió el sistema del campeonato, el de todos contra todos, y no guardaba relación con el campeón uruguayo) la cual constaba de 9 fechas. Mehdi Lacen, Alejandro Faurlín y el Cata Díaz finalizan su relación con el club. Sin posibilidad de recibir subvenciones públicas por impagos, sin masa social (menos de 200 abonados) y lleno de deudas (jugadores, entrenadores, monitores de las bases, pisos de alquiler, trabajadores de varios estamentos internos de la SAD como gabinetes de prensa y oficina administrativa), las críticas de la afición, hasta hacía pocos meses ‘adormecida’, aumentan y piden la dimisión de Alejandro Bouza y otros directivos de peso como Javi Fernández (director general antes de la conversión en SAD y secretario, cargo que sigue ostentando), llegando Cristian Pozo (abogado ejidense afincado en Granada) a la dirección general de la SAD, camisetas de futbol 2024 bajo la intención de buscar patrocinios e inversiones. Puertas Rodríguez, empresario ejidense, y que de la mano trajo a Ángel Becerra (leyenda del fútbol ejidense) como directivo y responsable deportivo de la parcela de fútbol, y a José Lirola como entrenador.
En la temporada 2013/2014 el club ejidense empieza en verano con la duda en el banquillo si continuar con José Lirola tras la decepción de no subir deportivamente o contratar como entrenador a José Sevilla, antiguo entrenador del Club Polideportivo Berja y leyenda del fútbol ejidense. Esa temporada el club ejidense debuta en la Primera Andaluza con victoria por 5-0 ante el Vandalia de Peligros CF y la ilusión de la afición se dispara llegando a ir 2.000 personas en un partido, el club ejidense iba a estar toda la temporada a la cabeza de la tabla junto el Guadix CF teniendo una bonita lucha por el liderato que finalmente cae en manos ejidenses. De hecho, dentro del estadio, existen varios grupos de animación que no paran de realizar cánticos a lo largo del partido, y motivan al resto de la afición para que anime también. Navidad de 1970 por Inma Cabecerán, con el objetivo de convertirse en la sección femenina del Fútbol Club Barcelona.
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