Regresó a la división de honor en 1984 al ser invitado por la Federación Peruana de Fútbol para participar en el Torneo Regional Sur de camiseta de futbol 2024 ese año. En 1973 inició sus participaciones en la Liga Peruana de Fútbol, camisetas futbol baratas En ese mismo año jugó partidos de preparación contra selecciones que buscaban aclimatarse en el Cusco para jugar un partido contra la selección de fútbol de Bolivia estas selecciones eran la selección de fútbol de Argentina y la selección de fútbol de Paraguay los resultados del Cienciano no fueron malos pues ganaron a la selección de fútbol de Paraguay por 2 a 1 y perdieron con la selección de fútbol de Argentina por 1 a 0 con gol de Mario Alberto Kempes esto sirvió a ambas selecciones porque terminaron ganando las 2 selecciones a la boliviana. A pesar de quedarse con 9 jugadores Cienciano logró un agónico triunfo ante River Plate con gol de Carlos Lugo de tiro libre desatando la alegría peruana. El 10 de diciembre se jugaría la primera final contra un rival histórico como el River Plate de Argentina, se jugó el partido ida en Buenos Aires en el Estadio Monumental Antonio Vespucio Liberti, Cienciano demostró un gran nivel de juego logrando un empate por 3 a 3, con 2 goles de Portilla y uno de Carty ante 53.296 espectadores.
Un merecido título para una institución que planificó las cosas bien, bajo la batuta de Juvenal Silva, formando un equipo competitivo bien ensamblado en todas sus líneas, imbatibles en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega mostrando un fútbol homogéneo, práctico y contundente, dejando en camino a los mal llamados equipos grandes en ese entonces. Cienciano alcanzó la gloria, la felicidad para el pueblo cusqueño que tuvo que esperar largas décadas para saborear de nuevo un título tan ansiado. Cienciano, contra otro equipo provinciano Estudiantes de Medicina de Ica dirigido por Franco Navarro, el pueblo Cusqueño, la hinchada del cuadro rojo desbordó por las principales avenidas y plazas de la ciudad inca en caravanas de color rojo saboreando el título obtenido por Cienciano en su centenario. En la víspera del partido definitorio la totalidad del plantel imperial en la iglesia de la Catedral del Cusco imploraron al todopoderoso y al Señor de Huanca vistiéndolo con la camiseta roja a fin de que los ilumine en su camino y obtener el ansiado título en su centenario y regalarle una alegría al pueblo cusqueño y a su a hinchada leal que nunca lo abandona.
Posteriormente perdió el título nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura y que también festejaba su centenario ese año. En 2001, año de su centenario, obtuvo su primer título profesional al ganar el Torneo Clausura de ese año en una definición frente al Estudiantes de Medicina con gol del uruguayo Ernesto Zapata. Por eso debían de reforzar el equipo, fue cuando llegó Frank Palomino ídolo del Cusco que tras su experiencia en el fútbol asiático volvió a ponerse la camiseta del equipo de sus amores y también volvió el mexicano Óscar Olvera, el uruguayo Ernesto Zapata, dejando el plantel Villanueva y Martínez Troncoso. El equipo imperial estaba formado por jugadores que ya se conocían desde varios años atrás, formaban en el Estadio Garcilaso una férrea defensa difícil de romper, con Mauriño Mendoza en el arco, Martín García, Chango Maldonado, Gilberto Flores, en el medio campo formaban jugadores de gran poder, recuperación y ataque, Óscar Olvera (mexicano), Cumapa, Miguel Ortega, Jean Garrafa, la dupla uruguaya Martínez y Zapata, equipo dirigido por el llamado cariñosamente (el Viejo) Carlos Daniel Jurado. En los 60 y 70 destacaron los hermanos Castañeda, Pepe, Nilo, Walter, Miguel y Humberto, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, «Cheché» Vásquez, Olmer «cogollo» Zapata, «Wachi» Washinton Miranda, «Papu» Zúñiga, «Fato» Cornejo, «Chino» Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado, Juvenal Anaya.
Cienciano cumplía 100 años en 2001, y el club imperial quería hacer historia, como primer paso la directiva presidente Juvenal Silva encargó un diseño especial de la camiseta del centenario, con íconos de la cultura inca y el número 100 resaltado. Juvenal Silva y su directiva evaluaba la campaña de Carlos Daniel Jurado, revisaron cuales eran los puntos que debía reforzar para ser verdaderos protagonistas y no conformarse con aquello de ser el mejor provinciano. Para el Clausura el entrenador Carlos Daniel Jurado formó su equipo con los porteros Mauriño Mendoza, Riofrío, Roberto Martínez, Cristian García, Carlos Maldonado, Frank Palomino, Gilberto Flores, Molina, Candía, Cumapa, Villanueva, Ortega, Gabriel Rodríguez, Carrasco, Prado, Martínez, Ramón Rodríguez, Roggeiro. Pese a ello Cienciano fue el que más puntos hizo de local ganando absolutamente todos sus partidos de local sin empatar ni perder y teniendo como figuras a «El Loco Zapata», Martín García, «El Chato Olvera», Ramón Rodríguez entre otros. Ese año, bajo la conducción técnica de Freddy Ternero, ganó la Copa Sudamericana jugando primero con Alianza Lima al cual se le ganó 1-0 de local y 1-0 de visita.