Sin embargo, al día siguiente, la Junta de la Federación Polaca de Fútbol (PZPN), con una votación de 5-4, decidió retirar el título de la liga al Legia en favor del tercer equipo en la tabla, camisetas futbol 2024 el Lech Poznań (después de la cancelación de los últimos partidos del Legia y el ŁKS Łódź). Miroslav Đukić fue nombrado entrenador del primer equipo tras firmar un contrato de 3 años de duración. Unos meses más tarde, el 1 de septiembre de 1989, moría el mítico futbolista del Legia Kazimierz Deyna en un accidente de tráfico en San Diego, California, con 41 años de edad. Los resultados mejoraron de tal forma que el Legia logró su primera «triple corona» de la historia del fútbol en Polonia. Antes los Legioniści derrotaron al Viking FK y Videoton en primera y segunda ronda, respectivamente. En la temporada 1964-65 disputó la Recopa de Europa, en la que eliminó al ESV Admira-NÖ Energie Wien en primera ronda, al Galatasaray turco en segunda ronda y cayó eliminado en cuartos de final ante el TSV 1860 Múnich. En 2006 volvió a proclamarse campeón de Polonia en la celebración del 90 aniversario del club y en Liga de Campeones volvió a tener mala suerte con el sorteo en tercera ronda, esta vez con el Shakhtar Donetsk.
El club había vencido en la temporada anterior al Jagiellonia Białystok para sumar su octava Copa de Polonia, por lo que disputó la Supercopa ante el campeón de liga, el Ruch Chorzów, en un torneo que celebraba su cuarta edición. El club se clasificó por primera vez a la renovada Liga de Campeones -la anterior Copa de Europa-, pero fue eliminado por el Hajduk Split de forma clara (0-1 en Varsovia y 4-0 en Split). La temporada 1990-91 finalizó en noveno lugar y la siguiente en décima posición -por primera vez desde la Segunda Guerra Mundial el Legia se vio amenazado con bajar a segunda división-. En el partido jugado en el Estadio Nacional de Varsovia el Legia ganó en la prórroga al Polonia Bytom 2-1. Los dos goles fueron obra de Henryk Apostel. Lo mismo hizo en la Copa de Polonia al ganar en la final al GKS Katowice por dos goles a cero (Leszek Pisz 26′, Jerzy Podbrożny 90′). Sin embargo tuvieron lugar una de las primeras protestas colectivas en el estadio debido a los altos precios de las entradas y la prohibición de mostrar banderas en las vallas.
Entre 2001 y 2004 no la PZPN no organizó la Supercopa, pero en su lugar retomó la Copa de la Liga en 2000, inactiva desde 1978. Precisamente el Legia ya había perdido este título en la reedición anteriormente citada al perder contra sus rivales del Polonia Varsovia. El combinado español asentó los pilares del título conquistado en su seguridad defensiva, al conseguir no recibir ningún gol hasta la final del torneo. Gracias al empate a un gol el 15 de junio de 1994 contra el Górnik Zabrze en Varsovia, el equipo militar mantuvo un punto por delante del segundo, el GKS Katowice y ganó su quinto campeonato polaco, tras una sequía liguera de catorce años. Los «militares» lograron un gran éxito eliminando al FC Swift Hesperange, Aberdeen FC y la Sampdoria, pero fue eliminado por el Manchester United en semifinales (1-3 en Varsovia y empate a un gol en Mánchester). Los responsables del club han intentado en dos ocasiones (diciembre de 2004 en enero de 2007) solicitar la reversión de la decisión desfavorable y restaurar el título, pero sin éxito.
Como campeón de liga de 1970, el club se clasificó para la Copa de Europa, donde firmó otro buen papel como en la última edición. En la temporada 1967-68 logró el subcampeonato de liga y debutó en la Copa de Ferias, en la que eliminó al TSV 1860 Múnich y al KSV Waregem belga antes de ser eliminados por el Újpest FC de Budapest. El Legia consiguió su tercer campeonato de liga en 1969 al imponerse en la clasificación al Górnik Zabrze. Sin embargo, la década de 1980 fue dominada por el Legia en la competición de copa al ganar las ediciones de 1980, 1981 y 1989. En competición europea tampoco logró buenos resultados. El equipo no volvió a triunfar en la liga, pero sí consiguió volver a ganar la Copa de Polonia y la Supercopa en 1997. El club, que tampoco cosechó grandes éxitos en competiciones europeas, cerró así la década de 1990 con un balance de ocho títulos oficiales. Vendaval Fluminense originalmente finalizó con el marcador 5−2 favorable al equipo local (Río Babahoyo), sin embargo Río Babahoyo no presentó el número mínimo de jugadores juveniles en cancha y por tanto pierde por reglamento el encuentro con un marcador de 0−3 a favor del equipo visitante (Vendaval Fluminense).